El
complejo sinaptonémico es una estructura proteica formada por dos elementos laterales y uno central que se van cerrando a modo de
cremallera y que garantiza el perfecto apareamiento entre
cromosomas homólogos durante la fase de
zigoteno de la
primera división meiótica. Mantiene a los cromosomas homólogos unidos y alineados el uno con el otro para la formación de los
quiasmas en la recombinación que se realiza durante la posterior fase llamada
paquiteno. En dicho apareamiento también está implicada la secuencia de genes de cada cromosoma, que evita el apareamiento entre no homólogos. El complejo sinaptonémico se une a la
cromatina por las regiones de asociación específica (SARs).