Filogenetyka – dział biologii zajmujący się badaniem drogi rozwojowej (filogenezą) organizmów. Przedmiotem zainteresowania filogenetyki są organizmy żyjące współcześnie oraz kopalne, ich pochodzenie i relacje pokrewieństwa. W swoich badaniach korzysta z osiągnięć paleontologii, genetyki i innych nauk przyrodniczych.