Fylogeneze (z
rec. fylé = kmen a
genesis = zrození, puvod) nebo také
fylogenetický vývoj znamená vývoj
druhu organismu. Fylogeneze je historický proces, který vetšinou nelze prímo pozorovat, ale musí se rekonstruovat na základe
evolucní teorie. Protejškem fylogeneze je ontogeneze (morfogeneze), pravidelný vývoj jedince k dospelosti. Veda zkoumající fylogenezi se nazývá
fylogenetika. Grafickým znázornením vzájemných vztahu mezi skupinami organismu jsou
fylogenetické stromy.