Fylogenie (van het
Griekse φυλη (
phulè = 'volksstam') en γενεσις (
genesis = 'wording')) is de studie van de ontstaansgeschiedenis van een groep
organismen. Een fylogenie is de beschrijving van hoe de ene groep organismen is ontstaan uit andere groepen. Deze wordt veelal grafisch weergegeven in een
fylogenetische stamboom.