Intramolekulare
Basenpaarungen, die eine
Haarnadelstruktur (engl.
stem-loop) bilden, kommen in einsträngiger
DNA und häufiger in
RNA vor. Handelt es sich um eine kurze Schleife, werden auch die Begriffe
Haarnadel (engl.
hairpin) oder
Haarnadelschleife (engl.
hairpin loop) gebraucht. Diese Strukturen treten auf, wenn zwei Regionen des gleichen Moleküls – für gewöhnlich mit einer
palindromischen Nukleotid-Sequenz – eine
Doppelhelix bilden, die am Ende durch eine ungepaarte Schleife abgeschlossen wird. Die entstehende "Lollipop-Struktur" ist ein Schlüsselelement im Aufbau vieler
RNA-
Sekundärstrukturen.