Isomeria jaetaan rakenne- ja stereoisomeriaan. Isomeereja ovat molekyylit, joilla on sama molekyylikaava, mutta niiden rakenne on erilainen. Rakenteen erilaisuudesta johtuu myös isomeerien toisistaan poikkeavat kemialliset ja fysikaaliset ominaisuudet. Esimerkiksi butaanin ja isobutaaninkiehumispisteen ero on 11 astetta. Mahdollisten isomeerien määrä kasvaa nopeasti atomien määrän kasvaessa, esimerkiksi butanolilla (C4H9OH) on viisi erilaista isomeeriä.