Molekyyli on kahden tai useamman kovalenttisesti sitoutuneenatomin muodostama sähköisesti neutraali ryhmä. Molekyylien muodostamaa yhdistettä kutsutaan molekyyliyhdisteeksi. Ionisidoksellisissa aineissa ei ole varsinaisia molekyylejä, joskin myös niissä olevat ionit voivat olla kahden tai useamman atomin muodostamia kompleksi-ioneja.