Un
patogen (del grec πάθος
pathos "sofriment, passió", i γἰγνομαι (γεν-)
gignomai (gen-) "dono llum a"),
agent infecciós o, més habitualment,
germen, és un agent biològic que causa
malalties o trastorns al seu
hoste. El terme "patogen" deriva del
grec "allò que produeix sofriment". Hi ha diversos substrats i rutes pels quals un patogen pot envair un hoste; les rutes principals tenen escales de temps diferents, però la
contaminació del sòl és la que té el potencial més llarg o persistent d'allotjar un patogen.