Procesy hydrotermalne są związane najczęściej z ostatnim stadium
krystalizacji magmy (tzw. stadium pomagmowe). Polegają na migracji w skałach wysokozmineralizowanych roztworów wodnych powstałych w wyniku
dyferencjacji magmy oraz krystalizacji jej głównych składników. Procesy hydrotermalne są przyczyną powstawania wielu
minerałów (i ich formacji złożowych), szczególnie odznaczają się przy powstawaniu
pegmatytów w ich ostatnim stadium krystalizacji. Zmiany wcześniejszych faz mineralnych zachodzące przy udziale migrujących wód nazywa się
metasomatozą (jeśli zachodzi znacząca zmiana składu chemicznego i mineralnego skały). Pochodzenie hydrotermalne ma wiele
złóż kruszcowych (np. złoża
molibdenu w postaci
molibdenitu).