Spontaani mutaatio on
mutaatio, jonka syntyyn ei tiedetä selvää ulkopuolista syytä. Sellainen tapahtuu normaalisti noin joka miljoonannessa
solunjakautumisessa. Mutaatiotaajuus kasvaa, jos solu altistuu
mutageeneille. Mutageenit ovat tiedettyjä mutaatiota aiheuttavia tekijöitä – mutageenin aiheuttama mutaatio on siten spontaanin mutaation vastakohta.